例えばこれを
<c:import url="/WEB-INF/view/common/commonMeta.jsp" /> <c:import url="/WEB-INF/view/common/commonLink.jsp" />
こうしたい場合
<c:import url="/WEB-INF/view/common/headerBody.jsp" />
\Rで改行を表現する。正規表現は有効に。
<c:import url="/WEB-INF/view/common/commonMeta\.jspf" />\R<c:import url="/WEB-INF/view/common/commonLink\.jspf" /> で検索して <c:import url="/WEB-INF/view/common/headerBody.jsp" charEncoding="UTF-8"/> で置換実行